Để được đưa vào sách chỉ nuôi ngựa, Ngựa đực giống và ngựa cái phải vượt qua thử nghiệm nghiêm ngặt. Mục đích của thử nghiệm này là để ngăn chặn con ngựa có khiếm khuyết di truyền từ việc lai các gen của chúng. Kết quả là, con ngựa với các thương hiệu Hanoveria thường có sức khỏe tuyệt vời. Các Verband Hanoveria, và Hiệp hội giống ngựa máu nóng khác, tiếp tục đẩy mạnh nghiên cứu về sức khỏe của con ngựa của họ. Ngựa đực giống Hanoveria và ngựa cái không phải là rất phổ biến. Tuy nhiên, nghiên cứu trên Ngựa đực giống Hanoveria đã góp phần giúp cho việc xác định các gen mới có ảnh hưởng đến khả năng sinh con ngựa giống.

Osteochondrosis là một bệnh ảnh hưởng đến xương và sụn trong khớp xương của con ngựa đang phát triển. Các khớp thường bị ảnh hưởng là các fetlocks vào chân chân trước và chân sau, và khuỷu chân sau và bóp nghẹt các chân sau. Tổn thương Osteochondrosis bao gồm gãy xương nhỏ, chất lỏng tích tụ, cánh tà lỏng lẻo của sụn, hoặc các mảnh sụn lỏng trong khớp. Các tổn thương cuối cùng được gọi dissecans osteochondrosis (OCD), và có thể phát triển hơn nữa vào bệnh thoái hóa khớp, chẳng hạn như osteoarthrosis. Osteochondrosis cũng có thể góp phần vào hội chứng navicular và bệnh hay do dự. Bởi vì hầu hết ngựa, đặc biệt là Hanoverian, mà thường được sử dụng cho các yêu cầu thể thao cưỡi ngựa, làm việc để kiếm sống, khó chịu phần có thể có nghĩa là kết thúc sự nghiệp của một con ngựa. Giữa 7% và 10% của những con ngựa Hanoverians có OCD ở khớp cổ chân, và giữa 12% và 24% có OCD